Anexo, sozinho, é adjetivo vira-lata como bonito, feio, rico. Concorda em gênero e número com o substantivo a que se refere: carta anexa, cartas anexas, documento anexo, documentos anexos; criança bonita, objetos bonitos; imagens feias, foto feia, livros feios.
Em anexo pertence a outra estirpe. É advérbio e, portanto, invariável. Não tem feminino, masculino, singular ou plural. Com ele é tudo igual: A carta segue em anexo. Os documentos estão sendo encaminhados em anexo. Em anexo, seguem as foros. Encaminho, em anexo, as notas solicitadas.