Depende. Você escolhe. Mas a opção dá recados diferentes.
A vírgula é neutra. Obedece à gramática:
Brasília, a capital do Brasil, localiza-se no Planalto Central.
O travessão grita. Chama a atenção para o termo que isola:
Brasília — a capital do Brasil — localiza-se no Planalto Central.
Os parênteses escondem. Dizem que o termo que está ali dentro não faz falta:
Brasília (a capital do Brasil) localiza-se no Planalto Central.
É isso. Você escolhe. A alternativa é acertar ou acertar.