Em cima de = sobre: O livro está em cima da mesa. Pôs os óculos em cima da televisão. O que há em cima da caixa?
Encima = forma do verbo encimar (colocar em cima de, elevar, alçar) — eu encimo, ele encima, nós encimamos, eles encimam: Procurou uma citação adequada para encimar o capítulo do livro. Dirigiu-se à prateleira que encima a lareira.