Alvo da Operação Sépsis, um desdobramento da Operação Lava-Jato, a J&F teve como presidente de seu conselho de administração o atual ministro da Fazenda, Henrique Meirelles. Ele deixou o cargo no início de maio, quando foi convidado pelo presidente interino, Michel Temer, para comandar a equipe econômica.
A J&F controla a fabricante de celulose Eldorado, que recebeu R$ 940 milhões do FI-FGTS, fundo de investimentos mantido com recursos do Fundo de Garantia do Tempo de Serviço (FGTS). O FI-FGTS comprou debêntures emitidas pela empresa. Do montante recebido pela Eldorado, 1% (R$ 9,4 milhões) teria sido pago ao deputado Eduardo Cunha, do PMDB do Rio de Janeiro, conforme delação de Fábio Cleto, ex-presidente da Caixa Econômica Federal.