No governo de Michel Temer, Ana Paula foi secretária do Tesouro Nacional da Fazenda antes de assumir a secretaria-executiva em abril de 2018. Ela também foi presidente do Conselho de Administração da Caixa Econômica Federal, onde foi responsável por executar a recomendação do Banco Central demitindo todos os vice-presidentes da Caixa no início do ano passado, quando foram afastados sob investigação.
Antes de ir para o Tesouro, onde foi a primeira mulher a comandar o órgão, Ana Paula foi secretária da Fazenda do Espírito Santo, onde ajudou a coordenar o ajuste fiscal que contribuiu para equilibrar as contas capixabas, garantindo ao estado a única nota A no ranking de risco de garantias do Tesouro Nacional entre os entes federativos. A economista também presidiu o Conselho de Administração do IRB Brasil Re.
Conforme comunicado da instituição, o economista-chefe Maurício Molan permanece na equipe que passará a ser comandada por Ana Paula.